发酵床养猪微生物层面的作用：
也就是利用发酵床养猪专用菌种中的有益微生物菌群，对粪尿进行分解和同化的作用，这种发酵床养猪技术的关键部分，菌种的好坏直接关系到发酵床的成功与否。
具体到操作需要注意的事项时，很明显，微生物发酵需要水份，所以，您只需要注意发酵床的水份含量就行，除了上面说的注意疏松和分散粪尿外，下一步就是注意水份了，没有水份，最好的菌种也发挥不了作用，作为操作者，您主要是注意发酵床表面的水份，观察发酵床表面的水份含量，表层垫料的含水量在30%，15公分以下应该为50%含水量，50公分以下为60%以上的含水量。
表层含水量的鉴别，可以用手撰一把，对着阳光吹一口气，没有可见的灰尘出现即可以，同时表面看上去是湿的，颜色比纯干料要深得多。
发酵层，即中间层水份，则用手用最大的力气捏，才有极少的水从手指间印出一点但不滴水即可。
下层含水量，则用手捏后，比较轻松地，有水印从手指间印出。
我认为发酵床垫料应该分为三层，最底部的是绝对厌氧层，约有20厘米左右，不可能进入空气，那种认为可以通过空气对流进入空气的结论是毫无道理的，里面就是个厌氧环境，也不必排斥这种环境，这个底部的绝对厌氧层是发酵床垫料养猪所必须的，它不断地为上层提供有益微生物（我们知道有害细菌多是好氧菌），底层酸碱度也比上层低一些，存在的基本上都是有益细菌，是对垫料进行最后的彻底的改良的最后大本营。也可以长期存在不动它，就象是个百年酒厂的窖底泥一样，永远会为上层活跃层发酵提供优质菌种，是优质菌种的源头。
中间一层应该是兼性厌氧层（20公分以下），是主发酵层，仍然是以缺少空气为主，但并非完全没有空气，但只有少量的空气，并通过空气对流，又从上层外空间不断地获得新鲜空气，源源不断地氧气被输送到这里，就象溪水长流，量不大，却总是有，加上最上面一层覆盖层，缓冲了猪突然大量排泄的粪尿，使猪粪尿的进入也是缓慢地进入这个发酵层的，覆盖层还隔离了外面温度与发酵层温度的温度差，起到了保温的作用，中间发酵层温度基本保证在30度以上，这种环境是对发酵猪粪是非常有利的环境，为什么呢？这是发酵床垫料养猪的基本，是微生物发酵猪粪所需要的理想的温度湿度和营养状态，我们知道，微生物发酵床垫料养猪要保证发酵层产生一定的热量，保持一定生长繁殖旺盛的微生物群，不能太活跃（不然发热量过高，夏天造成垫料温度过高，猪容中暑），（不然冬天产热量不够，垫料起不到对猪保暖的作用），同时，还得考虑发酵床垫料对猪粪尿量的消化吸收能力，所以，缓慢的而稳定的空气和营养物质的供给，是保证主发酵层达到这个目的的主要手段。
发酵层这是对猪排泄的粪尿进行发酵的主要部分，由于少量空气的存在，发酵产热比较活跃，也是生成菌体蛋白质的主要地方，是同化尿酸，尿氮的主要的地方，乳酸菌、酵母菌、真菌等都比较活跃，由于有上层垫料的覆盖，所以，温度和环境也相对稳定，有利于发酵进行。
最上面一层是覆盖层，也是好氧层，或缓冲层，但它由于直接与空气接触，温度随环境变化很大，加上水分散失比较多，含水量只有30%左右，所以，发酵作用并不活跃，我认为这也是应该的，上层垫料主要起的是覆盖的作用，为下层发酵层提供温度，湿度，和少量的有控制的空气量，上层垫料也不可能太湿，不能的话，发霉现象会很严重，霉菌都是好氧菌，如果水分适宜又有空气，霉菌丝会长得很快，当然，猪不断的拱翻对霉菌的生长有较强的破坏作用,加上表层水份含量低(30%左右),所以,在放养的情况下并不容易发霉。
实践证明，使用发酵床养猪专用制作的垫料，并不容易发霉菌，中的菌种反而是有抑制霉菌生长的作用，我们知道，大量发霉玉米和其他饲料，发酵几天后，可以脱霉，促进霉菌菌丝自溶；尽管在上层（容易长霉菌的地方），菌种的活跃程度不如中层的发酵层，但仍然对霉菌有较大的抑制作用，相对其他发酵床技术更不容易长霉菌、香味更浓，生猪更为健康。
覆盖层也起了缓冲的作用，让猪尿缓慢流入发酵层，而猪粪则留在覆盖层上部，比较干燥后，由人工铲入发酵层，即20厘米以下垫料层中进入发酵层消化。
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